Auf dem 13. AU-Gipfeltreffen im libyschen Sirte einigten sich in der Nacht auf den 4. Juli 2009 die Staats- und Regierungschefs auf eine Reformierung der Afrikanischen Union und der Übertragung von mehr Zuständigkeiten in den Bereichen Verteidigungs-, Außen- und Handelspolitik. Der Beschluss gilt als Erfolg für den libyschen Revolutionsführer Muammar el Gaddafi, dessen Vision eine gemeinsame Regierung für die "Vereinigten Staaten von Afrika" ist. Die Strukturreform der AU
ist unter den 53 Mitgliedstaaten jedoch nicht unumstritten. Einige befürchten einen Verlust ihrer nationalen Souveränität. Die Abschlusserklärung habe einige heftige Diskussionen ausgelöst, räumte der Aussenminister von Benin, Jean-Marie Ehouzou ein. Umstritten ist vor allem die geplante Umwandlung des bisherigen AU-Generalsekretariats in eine "Afrikanische Behörde" ähnlich der EU-Kommission. Nigeria und Südafrika haben hierzu Vorbehalte und befürchten nach Angaben von Diplomaten eine Dominanz der AU auch auf nationaler Ebene, vor allem wenn sie von Gaddafi als derzeitigen AU-Präsident geleitet werden sollte. Die Zuständigkeiten des neuen Entscheidungsgremiums der AU sind sehr vage gehalten. Vor allem soll eine gemeinsame Verteidigungspolitik und eine gemeinsame Position der AU bei internationalen Verhandlungen dadurch besser koordiniert werden. Die derzeitigen Pläne zur Reform der AU müssen allerdings noch von den Parlamenten aller Mitgliedstaaten der Organisation ratifiziert werden.